Новейшая история
B 1993 году собранные c большим трудом несколько десятков старых и новых икон были похищены, но возрождение храма продолжилось.
С 1994 года по благословению Святейшего Патриарха Алексия II клириками Свято-Троицкого храма являлись сотрудники Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата в священном сане. В дни Рождественских Святок и Светлой Седмицы богослужения здесь совершал председатель ОВЦС митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, избранный на Поместном Соборе Русской Православной Церкви 27-28 января 2009 года Святейшим Патриархом Московским и всея Руси.
В 1995–1997 годах изготовили и установили новые иконостасы, образы для которых написал xyдожник Александр Вахромеев, а полы облицевали гранитной плиткой.
Первоначальный объем храма выбелили, а галерею, трапезную и колокольню выкрасили в розовый цвет, выделив декоративные детали белым.
В 1998 году приход Свято-Троицкого храма отметил 400-летия co дня его основания.
В связи со знаменательной датой его настоятелю, клиру и прихожанам направил специальное обращение Святейший Патриарх Алексий. В послании отмечалось, что «за истекшие четыреста лет не одно поколение православных людей духовно родилось и облеклось во Христа под сводами этого святого храма. Здесь они научались быть истинными христианами, здесь получали благословение и напутствие в жизнь вечную.
После скорбных десятилетий запустения и осквернения, вначале девяностых годов в сем храме вновь затеплилась молитва. В будни и праздники храм Пресвятой Троицы неизменно наполнен прихожанами… Можно в полной мере засвидетельствовать, что храм Живоначальной Троицы в Хорошеве является очагом, возгревающим во многих поколениях москвичей отеческyю веру, живое наследие святой Руси, великой истории и культуры нашего народа».
B воскресенье 5 июля 1998 года в храме Святой Живоначальной Троицы прошло торжественное богослужение, которое возглавил глава Русской Православной Церкви – Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. В благословение храму-юбиляру Его Святейшество передал Казанскую икону Божией Матери с дарственной надписью.
На торжестве присутствовали настоятель храма архимандрит Феофан (Ашурков, с 2011 года – архиепископ Челябинский и Златоустовский), префект СЗАО В.А.Козлов и другие. После Божественной литургии и крестного хода Святейший Патриарх освятил закладной камень на месте, где некогда находился дворец царя Алексея Михайловича.
26 января 2000 года настоятелем московского храма в честь Святой Троицы в Хорошеве решением Святейшего Патриарха был заместитель председателя ОВЦС МП игумен Марк (Головков). Ныне архиепископ Егорьевский Марк является руководителем Управления Московской Патриархии по зарубежным учреждениям, а также в 2011 году назначен управляющим Северо-западным викариатством в границах Северо-Западного и Зеленоградского административных округов г. Москвы и Северным викариатством в границах Северного административного округа г. Москвы.
Летом 2002 года завершилось воссоздание внешнего облика храма: его вновь украсили керамические блюда, изготовленные современными мастерами по образцу тех, что были подарены Борису Годунову турецкими купцами.
При новом административно-территориальном делении столицы кварталы, прилегающие к храму, вошли в муниципальный округ Хорошево-Мневники. B 2000 году на заседании советников районного Собрания было принято решение отмечать День района в престольный праздник храма – День Святой Троицы.
С возрождением храма появились и новые традиции. Так с 2001 года в Крещенский сочельник его духовенство совершает Великое освящение воды на озере Бездонное в Серебряном Бору.
Развитие прихода потребовало и постройки новых зданий.
В 2005 году по проекту, разработанному архитектором Е.Н.Гуровой в ООО «Альт проект», выстроен двухэтажный каменный дом причта с подвалом и мансардой.
Здание напоминает жилые палаты XVII века, поскольку композиционное решение его фасадов основано на стилизации отдельных форм и декоративных деталей, характерных для допетровской гражданской архитектуры.