Основание храма
Первоначально местность за речкой Ходыней, по дороге из Москвы в Звенигород (Звенигородский тракт), именовалась "Ходынский луг", на рубеже XV-XVI веков новое название "Беседы" вытесняет прежнее из документов. Наконец, в 1572 году в документах впервые упоминается дворцовое село Хорошево. Предположительно в 1594 году царь Феодор Иоаннович подарил Хорошево своему шурину, Борису Годунову, и тот принялся за новое обустройство усадьбы.
Строительство храма в честь Живоначальной Троицы в Хорошеве предположительно началось между 1596 и 1597 годами и было завершено в 1598 г. - год восшествия на престол царя Бориса Федоровича Годунова.
Образцом для возведения этого храма стал построенный незадолго до того (в 1591-1593гг.) собор Донской иконы Божией Матери Донского монастыря (сейчас называемый «малым»). Авторство архитектурных проектов и руководство процессом строительства обоих храмов приписываются зодчему Федору Коню.
После смерти Бориса Годунова храм и царский дворец в Хорошеве стали свидетелями разорительного нашествия польско-литовских интервентов.
Через Хорошево войска захватчиков наступали на Москву в 1607 году. Люди Лжедмитрия, остановившегося лагерем в соседнем Тушине, иронически прозвали любимую царскую резиденцию «монастырь Нехорошево».
После освобождения от польско-литовских интервентов мирная жизнь в Хорошево стала налаживаться. В 1619 году «Ходынский луг» стал свидетелем праздничных и торжественных событий – возвращения из польско-литовского плена митрополита Ростовского и Ярославского Филарета Никитича (Романова). Во дворце в Хорошево будущий Патриарх остановился и провел ночь с 13 на 14 июня перед торжественным въездом в Москву.
На службы в Хорошево неоднократно приезжал царь Алексей Михайлович. Ко храму было приписано несколько окрестных деревень.
В 1650 году впервые в письменных источниках упоминается о приделе свт. Николая Чудотворца.